Οι Καθηγητές που διδάσκουν στο ΠΜΣ και ενδιαφέρονται να αναλάβουν διπλωματικές εργασίες κοινοποιούν λίστα με θέματα διπλωματικών εργασιών που ενδιαφέρονται να αναλάβουν/προσφέρουν. Η ΓΣΕΣ καθορίζει τον αριθμό και τα ονόματα των διδασκόντων που θα αναλάβουν διπλωματικές εργασίες. Στην αρχή του Γ’ εξαμήνου ο μεταπτυχιακός φοιτητής, και εφόσον έχει ολοκληρώσει επιτυχώς τα μαθήματα των δύο εξαμήνων, πρέπει να ετοιμάσει ένα προκαταρκτικό σχέδιο έρευνας για την εκπόνηση της διπλωματικής εργασίας και να επιλέξει επιβλέποντα καθηγητή με τη σύμφωνη γνώμη του, ο οποίος είτε ανήκει στους διδάσκοντες στο ΠΜΣ ή σε εξωτερικούς συνεργάτες (Καθηγητές του Τμήματος, της Σχολής Οικονομικών Επιστημών και Καθηγητές άλλων Τμημάτων σε Ελλάδα και εξωτερικό). Η αποδοχή της πρότασης για έρευνα γίνεται με κριτήρια τη συνάφεια του θέματος με το μεταπτυχιακό πρόγραμμα, τη συμβολή σε αναμενόμενα οφέλη και τα στοιχεία πρωτοτυπίας στην προσέγγιση και το γνωστικό αντικείμενο του Επιβλέποντα Καθηγητή. Η διπλωματική εργασία μπορεί να υποβάλλεται και στην αγγλική γλώσσα, σε συμφωνία με τον Επιβλέποντα Καθηγητή. Ο Επιβλέπων Καθηγητής με το πέρας της επιτυχούς υποστήριξης λαμβάνει αποζημίωση για την παρακολούθηση της διπλωματικής εργασίας. Τα υπόλοιπα μέλη της τριμελούς επιτροπής δεν αποζημιώνονται. Για μεταπτυχιακές εργασίες που δεν ολοκληρώνονται δεν καταβάλλεται αποζημίωση.
Η αποδοχή της πρότασης για εκπόνηση διπλωματικής εργασίας επικυρώνεται από τη Γενική Συνέλευση Ειδικής Σύνθεσης του Τμήματος, η οποία ταυτόχρονα ορίζει και τα άλλα δύο μέλη της Εξεταστικής Επιτροπής που θα αξιολογήσει την εκπονούμενη εργασία, τα οποία μπορεί να είναι είτε καθηγητές του οικείου τμήματος ή καθηγητές άλλων Τμημάτων. Η Συντονιστική Επιτροπή και ο επιβλέπων έχουν την ευθύνη της παρακολούθησης και του ελέγχου της πορείας της εργασίας του μεταπτυχιακού φοιτητή.
Ανάλογα με την εξέλιξη στην εκπόνηση της εργασίας, ο μεταπτυχιακός φοιτητής ενημερώνει τον επιβλέποντα καθηγητή, ο οποίος παρακολουθεί αν τηρούνται οι στόχοι και οι προδιαγραφές της έρευνας.
Η έκταση της διπλωματικής εργασίας ορίζεται από 20.000 μέχρι 35.000 λέξεις. Με την ολοκλήρωση της συγγραφής της διπλωματικής εργασίας αυτή αξιολογείται συνολικά από την Τριμελή Εξεταστική Επιτροπή. Η αξιολόγηση της εργασίας περιλαμβάνει προφορική ανάπτυξη του θέματος ενώπιον της τριμελούς Εξεταστικής Επιτροπής, η οποία μπορεί να γίνει και μέσω πλατφόρμας τηλεκπαίδευσης.
Σε περίπτωση που ο φοιτητής ζητήσει αλλαγή του επιβλέποντα καθηγητή ή του θέματος της Διπλωματικής Εργασίας, αποφασίζει σχετικά η ΓΣΕΣ, μετά από εισήγηση της Συντονιστικής Επιτροπής.
Ο φοιτητής υπογράφει υπεύθυνη δήλωση ότι φέρει την ευθύνη για τη συγγραφή της Διπλωματικής Εργασίας και είναι ο μόνος υπεύθυνος για την περίπτωση λογοκλοπής/ πλαγιαρισμού κλπ.
Ο ελάχιστος χρόνος για την υποβολή της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας (ΜΔΕ) είναι 5 μήνες από την ημερομηνία έγκρισής της από τη ΓΣΕΣ. Σε περίπτωση αρνητικής κρίσης, ο φοιτητής έχει τη δυνατότητα επανυποβολής της μετά από μέγιστο χρονικό διάστημα 4 μηνών και αφού βελτιώσει την εργασία σύμφωνα με τις παρατηρήσεις της επιτροπής κρίσης. Ακολουθεί δεύτερη κρίση και σε θετική περίπτωση αποδίδεται ο τίτλος σπουδών. Σε περίπτωση αρνητικής κρίσης, ο φοιτητής επαναλαμβάνει τη διαδικασία το αμέσως επόμενο ακαδημαϊκό έτος με το ίδιο ή με νέο θέμα και καταβάλλει εκ νέου το ποσό της διπλωματικής εργασίας (250 ευρώ). Στην περίπτωση νέας αποτυχίας, ο φοιτητής δεν παίρνει δίπλωμα.
Ο μέγιστος χρόνος για την υποβολή της ΜΔΕ είναι δώδεκα (12) μήνες από την ημερομηνία έγκρισής της από τη ΓΣΕΣ.
Η ΜΔΕ υποβάλλεται εις τριπλούν 10 ημέρες πριν από την ημερομηνία υποστήριξής της για την κρίση της από την επιτροπή και μετά την αποδοχή της, μαζί με τυχόν διορθώσεις ή συμπληρώσεις, υποβάλλεται ένα πλήρες αντίγραφο της τελικής εργασίας (ακόμα και παραρτήματα, σημειώσεις, άρθρα, συνοδευτικό υλικό κ.τ.λ.) σε ηλεκτρονική μορφή (cd-rom) στη βιβλιοθήκη του ΠΔΜ στην Κοζάνη. Οι εργασίες αποτελούν ιδιοκτησία του ΠΔΜ, το οποίο διατηρεί το δικαίωμα της χρήσης και αναπαραγωγής τους για διδακτικούς και ερευνητικούς σκοπούς.
Η βαθμολογία της ΜΔΕ προκύπτει από τον μέσο όρο της τριμελούς εξεταστικής επιτροπής, με κλίμακα 1-10 ενώ υπάρχει η δυνατότητα ακρίβειας και σε ένα δεκαδικό ψηφίο.